Opposti pareri hanno dato gli storici francescani intorno al luogo dove dimorò S. Francesco coi suoi compagni durante i quindici giorni di permanenza a Orte al ritorno da Roma dopo l'approvazione della Regola. Importanti argomenti però sostengono l'opinione di quanti affermano che il sito dove il Serafico Patriarca alloggiò, si deve identificare nella chiesetta di S. Nicolao, e ne danno, anzi, tali argomenti, certezza storica.

La chiesa di S. Nicolao ad Scopulos, dista alcune miglia dalla città, ed è situata in luogo remoto a ridosso di una boscosa collina. La sua ubicazione corrisponde perfettamente alla descrizione che, del luogo, fece Tomaso da Celano.

Il P. Bonaventura Theuli di Velletri, dei minori conventuali afferma in un suo antico libro, (P. Theuli - Apparato minoritico della provincia di Roma -opera stampata a Velletri nel 1648) che S. Francesco dimorò veramente in questa chiesa. Infatti, subito dopo il ritorno del Poverello alla Porziuncola, nella chiesa di S. Nicolao fu istituita una comunità francescana; ma sia per la rigidezza del clima, sia per la lontananza dalla città per cui non potevano subito sovvenire ai bisogni spirituali del popolo, i frati lasciarono il conventino di S. Nicolao per prendere dimora nella chiesa di S. Lorenzo al di là dal Tevere, molto vicina al paese.

Partiti i frati, la piccola chiesa fu data ad alcuni eremiti come si rileva da un Breve di Gregorio IX in data del 29 gennaio 1232 diretto ai <<Dilectis Filiis Priori et fratribus heremitarum S. Nicolai de Scopulo Ortane Diocesis ....>> e dove pure è detto che alcuni cittadini ortani nominati Carnbone, Tebaldo, Albino ed Alto, donarono alla chiesa di S. Nicolao alcune possessioni in contrada Caselli, nei pressi cioè della chiesa medesima. Fu in seguito questa chiesa abitata da alcuni fraticelli (Clareni) e finalmente tornò sotto la giurisdizione dei minori del Convento di S. Francesco i quali fecero sempre dimorare in quel devoto santuario due frati terziari e crediamo fino al 1800 circa, quando cioè il Convento di San Francesco fu soppresso.

A pochi passi dalla chiesa di S. Nicolao vi è un sasso molto alto sulla sommità del quale dicesi andasse S. Francesco a pregare e riposare, come pure in altra parte vi è una sorgente di acqua perenne che si ritiene sia sgorgata per miracolo del Poverello. Nei tempi passati, molti fedeli si recavano in pellegrinaggio in questa chiesa e varie grazie ricevevano i devoti. Nella chiesetta c'era una Croce di legno che il P. Theuli opina appartenesse a S. Francesco e racconta anche che uno del contado di Todi, visitando il 5 agosto 1629, la chiesa di S. Nicolao si appropriò di quella Croce che trovò in terra. Giunto a casa, cadde gravemente ammalato e abbandonato da tutti, stava per esalare l'ultimo respiro quando gli apparve  un frate che gli disse :<< Levati su, prendi quellacroce e riportala dove l'hai tolta>>. Guarito d'un tratto, il pover' uomo si levò dal letto e riportò la Croce alla Chiesa di S. Nicolao dove con grandissima umiltà raccontò ai frati l'accaduto.

Nei pressi di S. Nicolao, in vocabolo Caselli, varie possessioni avevano i frati del Convento di S. Francesco, e per tale ragione il passaggio di barche ivi esistente sul Tevere per facilitare le comunicazioni con l'Umbria, è chiamato anche oggi <<Barca o Porto di S. Francesco>> ed i frati erano anche esenti dal pagamento della tassa di passaggio con dette barche. In tale località i francescani tenevano anche un Ospedale che nel 1297, sotto il pontificato di Bonifacio VIII, fu unito con quello di S. Croce nella città che però seguitarono a reggere i frati, per molto tempo (Leoncini - Cronistoria ortana -Archivio Municipale).

Troviamo che circa l'anno 1300, la chiesa di S. Nicolao fu annessa alla Mensa Vescovile dal vescovo Lorenzo, francescano.

Recentemente il compianto grand'uff. Giocondo Pasquinangeli, profondo cultore delle storie ortane, volle lasciare per testamento alcune sua possessioni di S. Nicolao alla Parrocchia della Borgata Stazione, con l'obbligo di ravvivare nella storica chiesetta il culto francescano secondo l'antica tradizione.

La sua volontà non è stata ancora eseguita, ma noi ci auguriamo che entro l'anno francescano possa essere attuato tale voto, in modo che tornino le turbe dei fedeli a peregrinare devote in questo santuario tanto insigne nella storia dell'ordine minoritico.